Проблема была выявлена в инфраструктуре, где платформа 1С:Предприятие 8.3 опубликована на терминальном Windows Server 2016, а клиентами служат ПК с Windows 10 и Excel в составе пакета Microsoft Office 365. Обновления для ПП устанавливались достаточно своевременно. 

В процессе поиска решения были рассмотрены следующие варианты:

1) пользовательские: 

- замена значений в Excel через сочетание Ctrl+H;

- сохранение всего табличного документа 1С как файл формата Excel и последующая работа со значениями в рамках ПП Microsoft

2) 1С-ные:

- применить условное оформление к ячейкам

3) от Excel-еводов:

- написать макрос, который бы сам выполнял команду Ctrl+H

4) админские:

- даунгрейд/замена RDP-клиента

- редактирование региональных стандартов ОС

Перечисленные тут способы не позволили решить проблему достаточно качественно. Однако, последний вариант натолкнул на мысль попробовать изменить региональные установки самой информационной базы 1С. Для этого потребуется монопольно запустить режим "1С:Конфигуратор", где в подменю "Администрирование" выбрать пункт "Региональные установки информационной базы", в открывшейся форме убрать "галку" с флага "Использовать региональные установки текущего сеанса", что позволит установить пробел в поле "Разделитель групп". Да, вот так просто, не выбирая предложенных значений, нажимаем пробел, а затем применяем настройки нажатием кнопки "ОК". 

Очевидно, что данный способ может позволить быстро решить проблему даже не техническому специалисту при наличии соответствующего доступа.

P.S. Данная  настройка повлияет на формат чисел не только при копировании в Excel! Например, при выгрузке числовых значений в txt файл, пробел будет так же добавлен как разделитель разрядов. Это может нарушить работу со сторонними сервисами, если те "не умеют" воспринимать такой символ разделения. Я столкнулся с подобной ситуацией при загрузке файла зарплатного проекта в клиент одного из банков. Решение данной проблемы я нашел в банальном применений функции СтрЗаменить() для числовых значений.